La Conférence générale est l’organe suprême de décision de l’association. Elle se réunit une fois tous les quatre ans. Les membres de l’AIU y élisent le président ainsi que les membres du Conseil d’administration et y définissent l’orientation stratégique de l’association. En parallèle des réunions réservées spécifiquement aux membres, la Conférence générale comprend également une série de sessions consacrées à une thématique d’intérêt mondial qui sont ouvertes à tous les acteurs de l’enseignement supérieur.